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La temporada siguiente, Quique Sánchez Flores se marcha al Valencia CF, sustituyéndole el alemán Bernd Schuster. También esa temporada le es concedido el trofeo Zamora al portero del Getafe CF, el «Pato» Abbondanzieri. Esto le hace al entrenador del Getafe CF merecedor del primer trofeo Miguel Muñoz. Luis Miguel Ramis le colocó como el delantero centro del equipo titular afianzando sus registros goleadores con un gran inicio de temporada que le llevaron a participar en la segunda edición de la Liga Juvenil de la UEFA. Al equipo se unen jugadores primordiales como Miguel Carrilero «Michel II», Gari Uranga, Mario Cotelo, Sergio Pachón o David Belenguer entre otros. Finalmente la alternativa tenía que estar fuera de su CC.AA por lo que los estadios más posibilidades serán los de Madrid, ya que incluso se valora la opción de intercambiar el estadio alternativo con el equipo con el que se llegara a un acuerdo.
Teniendo en cuenta nada más que la antigüedad de la licencia deportiva, la fecha de fundación del equipo sería el 1 de septiembre de 1976, fecha en la que se registró el Club de Fútbol Peña Madridista Getafe, que se inscribe en Tercera Regional Ordinaria y comienza a competir en la temporada 1976/77. Este equipo cambia de denominación a Club Deportivo Peña Getafe en 1981 y a Club Deportivo Getafe Promesas el 10 de julio de 1982 al convertirse en el filial del Club Deportivo Getafe mediante acuerdo por un año que le permitía utilizar los mismos colores, escudo y estadio. El 13 de noviembre de 1997 se derriba el Estadio Municipal de Las Margaritas para la construcción del actual campo Coliseum de Getafe, que lleva el nombre del exjugador internacional del municipio y que se inauguraría el 30 de agosto de 1998. Durante ese tiempo el equipo jugó en las instalaciones del Estadio Juan de la Cierva. Francia era la anfitriona del Mundial 1998 y se esperaba que la selección gala aguantara la presión. En esta ocasión fue Stephen Ross -organizador de la International Champions Cup, torneo estival que reúne a algunos de los mejores clubes del mundo durante su período de pretemporada-, quien contactó con algunos de dichos equipos para sondear sus opiniones al respecto de la creación de una competición paralela a la Liga de Campeones.
Pero el descenso y posterior readmisión en Primera División por problemas económicos del Sevilla F. C. y del Real Club Celta de Vigo hace que los equipos Albacete Balompié y Real Valladolid que habían descendido recuperen la categoría y que en Segunda División queden dos puestos vacantes. La temporada 1998-99, entrenado por Santiago Martín Prado «Pradito» consigue la primera posición en fase regular en el grupo I de Segunda División B. Jugó la fase de ascenso contra el Baracaldo C. F., Real Murcia, y Sevilla F. C. «B» quedando primero y subiendo a Segunda División por segunda vez en su historia. En la temporada 1992-1993 vuelve a quedar cuarto en la fase regular pero esta vez es superado en la promoción por el Real Murcia, la camiseta de cristiano ronaldo disputando también el ascenso con el Baracaldo C. F. y el Granada C.F. La temporada 1994-95 es la primera del Getafe C. F. en la Segunda División y sufre el cambio de categoría obteniendo un decimoctavo puesto con sólo 5 victorias y hasta 20 empates. En esta temporada son destacables las victorias en el Coliseum contra el Real Madrid y en San Mamés contra el Athletic Club.
Durante los años 1960 disputó siete fases de ascenso a Segunda División, desde la temporada 1960-61 a la 1967-68. Pero en ninguna de ellas conseguiría dar el salto de categoría. Por su parte el capitán de los alemanes, Oliver Kahn, declara al finalizar el partido a la cadena SAT 1: «He jugado 140 partidos de Copa de Europa, he estado en todas partes -Madrid, Milán, Londres, Barcelona- pero lo de esta noche es increíble. No había vivido algo así en 40 años». En algunas tribunas del Coliseum de Getafe se muestran los años 1946 y 1983 en clara alusión a ambas fechas. En la siguiente temporada el Getafe C. F. no aprovecha el regalo de la anterior campaña y tras un primer tercio aceptable el equipo comenzó a acumular malos resultados y pronto cayó a puestos de descenso y a pesar de tener numerosas ocasiones para salir de puestos de descenso y desaprovecharlas el equipo llega al tramo final de la temporada a dos puntos de la salvación, pero un desastroso tramo final donde solo suma tres empates en los últimos doce encuentros sepulta sus opciones de permanencia, finalizando en penúltima posición y jugando su último partido ya descendido a Segunda División B en el Coliseum contra el Atlético de Madrid que luchaba por un ascenso que no consiguió aquella temporada.